Terminadas as eleições, a disputa que se intensifica nos bastidores é pelo comando dos órgãos federais no Maranhão. Mesmo com a indefinição sobre os novos ministros do governo Lula (PT), já começam a surgir nomes para assumir o controle desses órgãos. 

Candidatos que não conseguiram mandatos nas eleições desse ano estão sendo cotados para assumir a presidência, superintendência e gerência desses órgãos. Aliados de Flávio Dino, Carlos Brandão, Weverton Rocha, além de integrantes do grupo Sarney também estão nessa disputa. 

Em jogo, está o comando de órgãos como o Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra), que por muito tempo foi conduzido pelo deputado estadual Zé Inácio (PT); O Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes (DNIT); o Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan); a Fundação Nacional de Saúde (Funasa); a Companhia Nacional de Abastecimento (Conab); a Companhia de Desenvolvimento dos Vales do São Francisco e Paraíba (Codevasf); entre outros.