O serviço de inteligência do governo federal não identificou clima de tensão no Sistema Penitenciário no estado do Maranhão. Apesar de abrigar pelo menos nove facções criminosas não há possibilidade de conflitos sangrentos nas dependências das unidades prisionais no estado. O clima de estabilidade se instaurou a partir de 2015, com o aumento de agentes penitenciários. Cem agentes penitenciários aprovados em concurso em março do ano passado estão aptos a entrarem no sistema prisional após concluírem curso em novembro de 2016.

Segundo o mesmo serviço, a classificação da segurança dos presídios segue parâmetros de gradação de conflitos como: normal, alerta, tenso e conflito deflagrado. O monitoramento da rotina nos presídios é feito pelo Departamento Penitenciário Nacional, Depen. É o departamento do Ministério da Justiça que controla a aplicação da Lei de Execuções Penais nos estabelecimentos penitenciários do país. Ele aponta a existência de 26 facções abrigadas em presídios brasileiros, mas um relatório recente entregue ao ministro Alexandre de Moraes, da Justiça, dá conta de mais de 80 grupos criminosos mapeados nas penitenciários.

Entre as nove facções que atuam no Maranhão, pelo menos dois têm atuação nacional: o Primeiro Comando da Capital, PCC, e Comando Vermelho. Além destes atuam no Maranhão, o notório Bonde dos 40, Bonde dos 300, Primeiro Comando do Maranhão, Bondinho da Ilha, Primeiro grupo do Estreito, Anjos da Morte, ADM e Comando Organizado do Maranhão, COM. A disputa pelo controle do tráfico provocou mais de 100 mortes no interior dos presídios do estado entre 2012 e 2014. Em 2013 foram 56 mortes na Penitenciária de Pedrinhas. Em 2016 foram seis mortes no interior de Pedrinhas.